O ano de 1999 demonstrou-se promissor para o Atlético, com perspectivas da conclusão da Arena da Baixada para junho. No primeiro semestre, a equipe disputou a Copa do Brasil e o Campeonato Paranaense. Na Copa do Brasil, a equipe passou por Sampaio Corrêa, Cruzeiro e Portuguesa, parando nas quartas-de-final ao perder nos pênaltis para o Botafogo.

No Campeonato Paranaense, o Atlético teve um início ruim, acabando na terceira colocação a primeira fase. Na segunda fase, disputada em sistema de mata-mata, a equipe passou pelo Operário de Ponta Grossa em dois jogos. Na semifinal, o Atlético sucumbiu diante do Coritiba, após duas derrotas. No final, a terceira colocação no Estadual.

No dia 24 de junho, o momento tão esperado pela nação rubro-negra: a Arena da Baixada finalmente era inaugurada, num amistoso contra o paraguaio Cerro Porteño. Vitória por 2 x 1, com gols de Lucas e Vanin – os primeiros gols na história da Arena, ficarão guardados na memória de todo atleticano.

"Agora estamos definitivamente em casa, na nossa Baixada, no nosso Caldeirão. Desta vez para nunca mais sair". Estas foram as palavras do presidente Mário Celso Petraglia, ao encerrar seu discurso na solenidade de inauguração.

Dois dias depois, a Baixada recebia um amistoso da Seleção Brasileira, contra a Letônia. Vitória por 3 x 0, estádio elogiado por jornalistas do Brasil inteiros, impressionados com um estádio superior a qualquer outro no país.

No segundo semestre, o Brasileiro destacou-se no calendário, com o Atlético fazendo uma bela campanha, com vitórias antológicas sobre Flamengo, Santos e São Paulo. A torcida comparecendo em massa, apoiando a equipe. Data de 1999 a adoção dos pacotes de ingressos pelo Atlético, em iniciativa pioneira entre os clubes brasileiros, ofertando a preços promocionais um carnê com todos os ingressos do campeonato.

Mas a campanha não foi suficiente para o clube se qualificar entre os oito primeiros. O Atlético encerrou o Brasileiro na nona posição. Então o clube acabou qualificado para uma Seletiva, envolvendo os clubes eliminados do Brasileiro, valendo uma vaga na Libertadores da América, maior torneio de clubes da América do Sul.

O Atlético enfrentou, na primeira fase, a Portuguesa, perdendo por 3 x 1 o jogo em São Paulo, revertendo o placar em Curitiba, vencendo por 2 x 0. Na fase seguinte, o adversário foi o Coritiba – despachado praticamente no primeiro confronto após uma goleada por 4 x 1 em pleno Couto Pereira. Mesmo com a derrota por 2 x 1 na Baixada, o clube estava classificado para a terceira fase da Seletiva.