Em 1998, o Atlético ainda sofria as conseqüências do episódio Ivens Mendes: por determinação da CBF, o clube não recebeu convite para a disputa da Copa do Brasil, tendo que se contentar com o Paranaense e o Brasileiro.

No primeiro semestre, o Atlético teve um início de Paranaense formidável: no primeiro turno, 9 vitórias e 2 empates; no segundo turno, 8 vitórias, 2 empates e 1 derrota. No cômputo geral, 17 vitórias, 4 empates e apenas 1 derrota, 10 pontos à frente do segundo melhor clube. Pela melhor campanha em ambos os turnos, o Atlético ganhou um ponto extra em cada turno no quadrangular semifinal – os vencedores fariam a final, em melhor de três jogos.

No primeiro turno do quadrangular, o Atlético venceu Paraná e Iraty, porém perdeu o Atletiba – o Coritiba se qualificou para a final. No segundo turno, novas vitórias sobre Paraná e Iraty, mais um empate no Atletiba, e o Atlético garantia assim a vaga para a final contra o Coritiba.

A final foi realizada em três jogos: o primeiro, no Couto Pereira, acabou com um empate em 1 x 1. Nos outros dois jogos, no Pinheirão (a Baixada havia sido demolida em 1997, visando a construção da Arena), brilhou a estrela atleticana em finais: uma goleada por 4 x 1 no segundo jogo praticamente garantiu o título atleticano – pelo regulamento, o time de melhor campanha tinha a vantagem no saldo de gols, o que permitia que o Atlético perdesse até por 3 gols para garantir o campeonato. Mas o Atlético não queria vencer o campeonato perdendo o jogo final – no terceiro jogo, o Coritiba teve uma penalidade a seu favor, que o goleiro Régis desperdiçou. No lance seguinte, o Atlético marcou de falta. No final, 2 x 1 no placar e o título conquistado de maneira incontestável pelo Atlético.

No segundo semestre, o Brasileiro teve três fases distintas para o Atlético: os primeiros 10 jogos foram desastrosos, com 6 pontos e a lanterna do campeonato. Então uma vitória sobre o Goiás por 3 a 2, no Serra Dourada, inaugurou uma fase de reabilitação: após uma derrota para Atlético-MG, seis vitórias consecutivas, e o salto da 24 a para a 9 a posição. A equipe começava a brigar pela classificação, mas então a terceira fase entrou em ação: cinco derrotas consecutivas fecharam de forma insólita o Brasileiro mais irregular da história do Atlético, na 16 a posição.