O Atlético começou 1990 ainda triste pelo rebaixamento para a Segunda Divisão em 1989. Longe da Baixada e com pouco apoio da torcida – exceção aos Atletibas, que na época levavam muita gente aos estádios - o primeiro semestre foi preenchido pelo Campeonato Paranaense, com um número assombroso de participantes, 22 clubes.

O Atlético teve um início de ano discreto no estadual, mas classificou-se com tranqüilidade em seu grupo. Como fato a se lamentar, no jogo contra o Umuarama, o atacante atleticano Pedralli sofreu uma dupla fratura na perna direita após uma jogada muito violenta do jogador Dedê. O árbitro nada fez.

Na segunda fase, a equipe cresceu, vencendo seu grupo, qualificando-se para as semifinais, nas quais eliminou o Operário de Ponta Grossa. Na final, dois Atletibas, nos quais brilhou a estrela de dois jogadores: o carrasco coxa Dirceu, marcador de quatro gols nos Atletibas do estadual, e o marcador do gol do título atleticano, o zagueiro Berg, do Coritiba. Após dois empates, o que acontece desde 1978: Atletiba na decisão, Atlético campeão!

O segundo semestre foi reservado para a disputa do Campeonato Brasileiro – e o Atlético iniciou o caminho rumo ao retorno à elite, disputando a Segunda Divisão. Uma primeira fase insólita: mantendo o desempenho atleticano de 1989 no Nacional, uma saraivada de empates – 7 nos primeiros 10 jogos, dos quais 6 empates sem gols. Mas a classificação estava garantida para a segunda fase, em terceiro lugar no grupo que ainda contava com: os catarinenses Criciúma, Blumenau e Joiville, o gaúcho Caxias e o rival Coritiba – que acabou esta fase na última colocação no grupo, sendo rebaixado para a Terceira Divisão.