O Atlético começava a respirar novos ares, a alegria estava voltando ao Estádio Joaquim Américo, e esta euforia se traduziu no espetacular início no Paranaense – agora fixo no primeiro semestre do ano. Nos primeiros 17 jogos nas duas primeiras fases, 13 vitórias e 3 empates. Dos 3 Atletibas, 2 vitórias e 1 derrota – a única até o momento. A terceira fase também manteve o ritmo – o clube acabou carregando 1 ponto de bonificação para o quadrangular semifinal. Porém, a equipe não conseguiu vencer nenhum dos dois turnos, e acabou assistindo, mesmo tendo a melhor campanha da competição, Paraná e Coritiba decidirem o campeonato. O Atlético acabou na terceira colocação, com 13 pontos a mais que o campeão Paraná.

Na Copa do Brasil, após passar por Ji-Paraná e Santos (curiosamente, pelos mesmos placares, empate em 1 gol e vitória por 3 x 0), a eliminação nas oitavas-de-final pelo Grêmio, também com placares de 1 x 1 e 3 x 0, mas desta vez para o time gaúcho.

No Campeonato Brasileiro, no segundo semestre, o Atlético foi a revelação do torneio: com a base do time campeão da Segunda Divisão de 1995, reforçado por jogadores como o lateral-direita Alberto, o zagueiro Andrei e os poloneses Nowak e Piekarski, o Atlético fez uma campanha formidável na primeira fase, acabando na quarta colocação entre os 24 clubes. Como destaques na campanha, a vitória sobre um Palmeiras invicto há 20 jogos por 2 x 0 e a liderança adquirida após a vitória sobre o Fluminense por 3 x 2 nas Laranjeiras.

Este jogo nas Laranjeiras que teve episódios que envergonharam e envergonham o futebol brasileiro até hoje: após a vitória rubro-negra, torcedores do Fluminense, indignados com mais uma derrota de sua equipe, invadem o campo e começam a espancar os jogadores do Atlético. O goleiro Ricardo Pinto foi a maior vítima, chegando a ficar em coma, ficando de fora do restante do campeonato. Mesmo assim, o Atlético conseguiu se classificar, mas caiu nas quartas-de-final frente ao Atlético-MG, após perder por 3 x 1 em Belo Horizonte, e somente vencer por 1 x 0 na Baixada – reforçada por arquibancadas tubulares, que elevaram a capacidade do estádio para 25 mil torcedores.

Com o Atlético na oitava posição – e o Fluminense rebaixado – o ano de 1996 se encerrou.