O ano começou com Mário Celso Petraglia se despedindo do clube, o que acabou gerando desconfianças de alguns e apoio de outros, que acabaram lançando o movimento “Fica Petraglia”. A parte dessa situação, Nilo Biazzeto assumiu a presidência do Conselho Deliberativo do clube e começava a falar na conclusão da Arena. Petraglia volta fortalecido ao clube e assume o comando da Presidência.

No futebol, ano não começou tão bom quanto o previsto. Com férias prolongadas, atrasos na reapresentação e sem uma pré-temporada bem planejada, os jogadores atleticanos não conseguiram render o esperado. Souza se despediu enquanto apresentavam-se no Ct do Caju Fabrício, Wellington Paulo, Flávio Luiz e Luizinho Netto, que retornou ao time.

Sem as estrelas principais, o Atlético começou a Copa Sul-Minas com um time misto. Do elenco principal apenas Flávio e Fabiano estrearam. E, apesar da derrota em casa para o Cruzeiro, pôde-se notar uma grata surpresa. Dagoberto se destacou na partida e virou coringa do time, com 8 gols era o artilheiro da equipe. Já com o elenco completo Geninho foi moldando o time da mesma maneira como o que havia sido campeão. O artilheiro Kléber, apesar da má fase, marcou seu 100º gol com a camisa atleticana contra o xará mineiro. E, no primeiro Atletiba como campeão brasileiro, os rubro-negros conquistaram a vitória e o respeito.

Sem o mesmo gás do ano anterior, as críticas começaram a surgir e alguns jogadores começaram a se irritar com as cobranças. Foi o caso de Nem, que após passar por delicada cirurgia no joelho, voltou ao time um pouco fora de forma e, com o excesso de críticas, recusava-se a falar com a imprensa. Mostrando que as críticas tinham fundamento, Nem, juntamente com Kléber, foi afastado do grupo para voltar a sua melhor forma. Com as constantes reclamações e os resultados negativos, o presidente Petraglia ameaçava demitir jogadores. O começo foi o próprio Nem, que não vestiu mais a camisa do Atlético. Jogando um futebol apagado, o Atlético chegou à final da Copa Sul-Minas vencendo o Grêmio, que ficou no caminho com uma goleada em pleno Olímpico e um empate na Arena. O Atlético acabou sendo derrotado pelo Cruzeiro nas finais, mas um jogador em especial comemorou. Dagoberto foi convocado para a Seleção Sub-21 e disputou o torneio de Toulon, na França.

Em visita à Curitiba, Carlos Alberto Parreira visitou o Ct do Caju e contou à imprensa brasileira o motivo do título nacional atleticano. “Esse centro de treinamentos é um dos motivos para o Atlético estar entre os maiores times do país”, confessou o técnico. No calendário atleticano, para o primeiro semestre ainda restava o Supercampeonato Paranaense, e os rubro-negros foram atrás de conquistá-lo. Durante a competição, alguns dirigentes acharam que seria melhor para o time se um novo técnico assumisse o comando já que com Geninho as vitórias não estavam acontecendo mais. Em seu lugar, o auxiliar técnico Riva foi efetivado. Nos jogos finais, o Atlético conquistou uma enorme vantagem na Arena da Baixada, goleando o Paraná clube. O título estava quase conquistado. Mas o time da Vila Capanema não se entregou fácil e, quase que estraga a festa atleticana. Mas o título acabou mesmo em nossas mãos, éramos Supercampeões.

Com a classificação do Brasil para a Copa do Mundo, outro atleticano a comemorar foi Kleberson. O Xaropinho tornou-se um selecionável, e no decorrer do Mundial virou titular e paca chave no time, ajudando o Brasil a conquistar o pentacampeonato. Quando voltou à Curitiba, recebeu homenagens na Arena. Sempre inovando, a diretoria rubro-negra resolveu disputar a Copa dos Campeões com um treinador para cada setor do time. A invenção não deu certo e, assim como na sua segunda Libertadores, o Atlético acabou lanterna da competição. Aproveitando sua imagem, uma campanha de Prevenção às Drogas foi lançada e, com isso, o clube recebeu uma homenagem do governo federal.

O Atlético disputou sua segunda Libertadores da América mas, diferente da primeira, o rubro-negro decepcionou e deixou a competição na lanterna da primeira fase. Dos seis jogos disputados, apenas uma vitória, com três derrotas e dois empates. O time marcou 10 gols e sofreu 15. Não foi muito diferente da Copa dos Campeões. Realizada no nordeste, a competição reúne time do Brasil inteiro. Novamente os atleticanos não souberam aproveitar a chance de sair campeão de mais uma competição e terminaram na última colocação, sem nenhum ponto, com três derrotas em três jogos, marcando três gols e levando seis.

Para o Campeonato Brasileiro, a promessa da diretoria era de que as atitudes seriam diferentes e que nada do que havia acontecido nestas duas competições se repetiria no nacional. Bem, na última colocação o Atlético não ficou, mas também nada de títulos ou classificações para outros campeonatos. Novos reforços, como Preto e Douglas apareceram, mas o rubro-negro não conseguiu passar de uma décima quarta colocação. Sem repetir as atuações do ano anterior, a crítica começava a desconfiar do time atleticano. Após mais uma derrota, desta vez em casa, na décima quarta rodada, a torcida pede a saída de Valdir Espinosa e a diretoria não tem mais como segurar. Para seu lugar, foi contratado Gílson Nunes e, com ele, um novo diretor de futebol, Antônio Clemente. Mas o novo técnico também não durou no cargo. Quatro rodadas mais tarde Abel Braga assume o time com a intenção de subir na tabela e, apesar da derrota em casa na estréia, Abel permaneceu até o final.

Segundo o presidente atleticano Petraglia, em função dos vexames nas competições nacionais e internacionais, o rubro-negro fechou o ano com um déficit de mais de 6 milhões de reais. Após a 14ª colocação e a desclassificação também no Brasileiro, a diretoria começou uma limpa no elenco, passando inclusive pelo técnico Abel. A surpresa porém, estava no nome do goleiro Flávio, dispensado junto com Adriano Basso, Silvio Criciúma, Reginaldo Vital, Preto e Douglas. O artilheiro do Brasil, Kléber, acabou sendo vendido para o Tigres do México, time para onde iria também Alex Mineiro, enquanto Fabiano estava indo mostrar seu futebol no São Paulo. Com a decisão de fazer um campeonato de pontos corridos, o Atlético começa a correr atrás de um novo elenco. Para começar, Heriberto da Cunha é chamado para comandar a equipe.