O início do ano foi marcado, principalmente, pelas convocações de jogadores atleticanos para a disputa do Pré-Olímpico, realizado em Cascavel. Lucas e Adriano, além de Warley, que havia sido vendido no ano anterior, faziam parte do elenco e, em sua estréia com a amarelinha, deixaram suas marcas na vitória de 9x0 sobre a Colômbia. Com sua ajuda, a Seleção Brasileira conquistou o torneio e, com isso, uma vaga nos jogos olímpicos daquele ano.

No clube, importantes mudanças aconteceram, mas uma delas ajudou- o a tornar-se o que é hoje. Pela primeira vez o Atlético participou, de forma oficial, do Clube dos 13. Com esse importante passo, o rubro-negro passou a ter maior importância no cenário nacional e, com isso, bons frutos trouxeram representantes da FIFA à Arena da Baixada. A entidade havia aprovado o estádio para uma possível realização da Copa de 2006, caso o Brasil vencesse seus concorrentes.

Das categorias de base, apareceu uma grata surpresa. Kleberson, o menino de Ibiporã, esteve na Copa São Paulo de juniores e chamou a atenção do técnico da equipe principal, Vadão, quando marcou um belo gol, e foi promovido. Neste ano, o rubro-negro disputou sua primeira Copa Libertadores, depois de ter vencido o torneio seletivo. Após terminar a primeira fase como líder, o time deixou a competição nas oitavas-de-final, quando foi derrotado pelo xará mineiro. O time estava fora também da Copa do Brasil, derrotado pelo Cruzeiro. A esperança da torcida foi depositada no Campeonato Paranaense, quando surgiu o “Quadrado Mágico”, formado por Kleber, Lucas, Adriano e Kelly. E, com essa equipe, o rubro-negro conquistou o titulo estadual em cima do maior rival, o Coritiba. Enquanto os torcedores comemoravam o título e o primeiro ano da Arena, o técnico Vadão despediu-se do time e, para seu lugar, foi contratado Artur Neto.

Em julho, parte do quadrado também se despediu. Adriano teve metade de seu passe comprado pelo Olympique de Marselha, que pagou 3,2 milhões de dólares ao rubro-negro e Lucas foi vendido para o Rennes, também da França, por 21 milhões de dólares. E, enquanto os dois partiam, chegava o peruano Abel Lobatón. Enquanto isso, na CBF, era confirmado um novo campeonato. A Copa João Havelange substituiu neste ano o tradicional Campeonato Brasileiro, com 104 clubes e sem rebaixamento. Para a disputa deste novo torneio, o Atlético mandou embora Artur Neto e trouxe o carioca Antônio Lopes, que estreou com uma derrota diante do Guarani.