O curitibano Ilan cresceu nas categorias de base do Paraná Clube, onde seu pai, o ex-jogador William, trabalhava. Passou por todas as categorias até chegar a ser treinado pelo pai, nos juniores. Para não haver qualquer tipo de comentário, o atacante era reserva e só ganhou destaque quando foi descoberto pelo técnico Márcio Araújo, dos profissionais.

Foi promovido e estreou, aos 18 anos, em um jogo contra o Coritiba, na Vila Olímpica, pelo Campeonato Paranaense de 1999. Marcou quatro dos seis gols paranistas e foi alçado imediatamente à condição de uma das maiores promessas do futebol paranaense.

Naquele mesmo ano, fez parte do elenco que foi vice-campeão da Copa Sul e também do Paranaense. Em 2001, Ilan foi negociado com o São Paulo e conquistou seu primeiro título como profissional, a Taça Rio-São Paulo. Na semifinal, contra o Fluminense, acertou uma cobrança na disputa de pênaltis e foi decisivo para a vitória por 7 a 6. No meio do ano, foi negociado com o Atlético para o Campeonato Brasileiro. Inicialmente, a diretoria atleticana queria o meia Souza e o atacante Fabiano. Os dois se apresentaram, mas a negociação de Fabiano acabou fracassando e Ilan foi incluído na transação. Foi reserva durante todo o Campeonato Brasileiro, mas deixou seu nome na história do clube. Com a incumbência de substituir o artilheiro Kléber no primeiro jogo da final, contra o São Caetano, não decepcionou. Foi dele o primeiro gol da final, abrindo caminho para a vitória atleticana por 4 a 2.

Oportunista, Ilan já fez belos gols pelo Atlético, todos mostrando sua inteligência em campo. Depois de sofrer uma grave lesão em 2002 que lhe deixou fora dos gramados por mais de seis meses, o atacante teve um ótimo ano em 2003. Em maio, marcou três gols na goleada por 4 a 1 sobre o Flamengo, o que lhe garantiu a liderança isolada da artilharia na competição. No mês seguinte, o jogador foi convocado pelo técnico da seleção brasileira, Carlos Alberto Parreira, para disputar a Copa das Confederações, juntamente com o pentacampeão Kleberson e o meia Adriano. Na partida contra o Corinthians, em julho, Ilan novamente fez três gols. Por fim, no Atletiba realizado em outubro, o atacante deu a vitória para o rubro-negro, com direito a um gol antológico de bicicleta. Foi o artilheiro do Atlético na temporada, com 24 gols.

Sua história no Atlético está muito ligada à Arena da Baixada. Ele é o segundo maior goleador do estádio, perdendo apenas para Kléber. Em 2004, Ilan deixou de ser um atacante fixo na área e passou a atuar mais recuado. Foi neste ano também que ele foi negociado com o Sochaux, da França.